La Traghetti Delle Isole S.p.a. nasce nel 1969 dalla lungimiranza di un gruppo di imprenditori, quale Società pioniera nel trasporto di merci su gomma con il Mototraghetto “Savarese” collegando Milazzo con le Isole Eolie. Successivamente entrò in servizio il Costa Gaia.

Nel 1986 inizia a mezzo del Mototraghetto "Pantelleria" la linea Trapani - Pantelleria giornaliera.

Nel 2004 viene acquistato il Mototraghetto passeggeri “Zeus” che viene utilizzato sulla tratta Trapani - Isole Egadi assolvendo oltre al servizio passeggeri al trasporto di merci e carburanti, spostando il Mototraghetto “Vulcano” sulla tratta Palermo - Ustica dove operò fino all’anno 2007.

Nel luglio 2007 la Traghetti Delle Isole S.p.a. si aggiudica il bando di gara indetto dalla Regione Sicilia per i collegamenti da:

• Trapani ­- Isole Egadi (a mezzo del Mototraghetto "Zeus")
• Trapani ­- Pantelleria (a mezzo del Mototraghetto "Cossyra")

per il trasporto di passeggeri - merci - merci pericolose per il quinquennio 2007-2012.

Nel Dicembre 2015 Traghetti Delle Isole S.p.a. si aggiudica il bando di gara indetto dalla Regione Siciliana per i collegamenti da:

• Trapani ­- Isola di Pantelleria
• Porto Empedocle ­- Isole Pelagie

per il trasporto di passeggeri - merci - merci pericolose per il quinquennio 2016-2020